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建物の高さと水槽の並び方が、海遊館の特徴だ。5400トン水槽は8階建ての高さを利用して深さが9mもある。この水槽を太平洋の大洋と見立てて、その周りに13本の水槽が並ぶ。日本の水族館としては独特の順路は、8階まで上がっておき、そこから太平洋の水槽の周りをグルグルと降りる。本州ではここでしか飼育されていないジンベエザメとオニイトマキエイ(マンタ)、9mの深さを上から下まで歩けば、観たい角度から観ることができる。